W Zakładzie Paleooceanologii realizowane są następujące zagadnienia badawcze:

Taksonomia i filogeneza okrzemek z morskiej strefy litoralnej;
Badania metagenomiczne zespołów morskich jednokomórkowych protista (okrzemek) z wykorzystaniem wskaźników molekularnych z jądra komórkowego oraz z chloroplastów (łączone drzewa filogenetyczne). Testowanie rozprzestrzenienia geograficznego, taksony ubikwistyczne czy endemity;
Badania cyklu życiowego okrzemek w kontekście ich przynależności taksonomicznej.

pone.0114508 1..24

Li Ch., Ashworth M.P., Witkowski A., Dąbek P., Medlin L.K., Kooistra W.H.C.F., Sato S., Zgłobicka I., Kurzydłowski K.J., Theriot E.C., Sabir J.S.M., Khiyami M.A., Mutwakil M.H.Z., Sabir M.J., Alharbi N.S., Hajarah N.H., Qing S., Jansen R.K. 2015. New Insights into Plagiogrammaceae (Bacillariophyta) Based on Multigene Phylogenies and Morphological Characteristics with the Description of a New Genus and Three New Species. PLoS ONE 10(10): e0139300.

DOI:10.1371/journal.pone.0139300.

Witkowski A., Barka F., Mann D.G., Li Ch., Weisenborn J.L.F., Ashworth M.P., Kurzydłowski K.J., Zgłobicka I., Dobosz S. 2014. A description of Biremis panamae sp. nov., a new diatom species from the marine littoral, with an account of the phylogenetic position of Biremis D.G. Mann et E.J. Cox (Bacillariophyceae). PLoS ONE 9(12): e114508.

DOI:10.1371/journal.pone.0114508