Zakład Paleooceanologii został powołany decyzją Rady Wydziału Nauk Przyrodniczych (WNP) Uniwersytetu Szczecińskiego w październiku 1997 roku. Strukturalnie został utworzony na bazie Zakładu Oceanografii Biologicznej Instytutu Nauk o Morzu. Od 1997 roku kierownikiem Zakładu Paleooceanologii jest prof. dr hab. Andrzej Witkowski.